Tout d’abord il convient de savoir que la consanguinité n’est pas forcément un mal, quand elle est parfaitement intégrée, comprise et travaillée. Elle ne doit pas être prise à la légère, mais nécessite un réel travail, qui n’est que bien peu souvent effectué.

Le problème de la consanguinité est qu’elle fixe aussi bien le bon que le mauvais, et donc devient dangereuse sans maitrise et sans connaissance de son sujet.

De manière globale (dans toutes les espèces) la consanguinité est particulièrement utilisée pour du physique : fixer un « standard » de poils, une robe, un marquage, etc. En effet, le but est d’obtenir et de conserver « un caractère » et d’avoir un résultat le plus homogène possible.

Pour la partie « physique » (caractères qualitatifs) :

Tout va débuter avec une sélection des caractères que l’on souhaite conserver (une couleur, un type de poil, une forme de tête…), afin de mettre en avant les gènes « codants » de ce type qui nous intéresse.

La consanguinité permet par la suite de conserver de manière certaine ces gènes en créant un fort taux d’homozygotie, garantissant leur transmission. En effet, un individu homozygote transmettra de manière sûre un gène, contrairement à un individu qui ne l’est pas.

Ce type de procédé est par exemple utilisé lors de la découverte d’une nouvelle mutation. On isole alors un ou plusieurs individus possédant le caractère voulu et on travaille en consanguinité pour fixer ce caractère. Un exemple ici ->http://www.ratz.co.uk/blackeyed.html

De manière générale, la consanguinité est très efficace sur des critères « physiques » (qualitatifs), car ces derniers fonctionnent de manière assez simple et sont donc codés par un gène ou un petit nombre de ces derniers. Il est donc facile et rapide via consanguinité/sélection de conserver ces traits.

Pour la partie « autre » (caractères quantitatifs) :

Au contraire il est plus compliqué de sélectionner et de conserver des traits attenants à la santé, au caractère, à la fertilité… En effet, ces derniers sont déterminés par un plus grand type de gènes et sont de plus sensibles à leur environnement. Il est donc plus long et difficile d’opérer une sélection certaine sur des traits précis, et beaucoup plus fastidieux de les fixer.

Il sera donc aisé de fixer des caractères qualitatifs choisis via consanguinité contrairement aux caractères quantitatifs dont la transmission restera plus hasardeuse. Ce dernier point pouvant donc conduire à la fixation de traits profitables ou néfastes, selon les sélections.

Outre le fait de fixer certains traits mal venus dus à une sélection difficile et une transmission pluri-génique, la consanguinité à outrance « appauvrit » le matériel génétique de base. Seuls les caractères à forte héritabilité (qualitatif) seront peu ou pas affectés par ce mode opératoire, les caractères à faible héritabilité (quantitatif) peuvent eux pâtir de cette méthode. L’homozygotie étant de plus en plus forte à chaque génération, la diversité des gènes est de moins en moins grande. Cela ne pose pas souci lorsqu’il s’agit d’un gène fonctionnant « sans interaction », il fait son travail et cela ne va pas plus loin (exemple une couleur). Mais lorsqu’il s’agit de gènes fonctionnant ensemble, comment peut-on s’assurer de préserver les « bons traits » sur TOUS ces gènes ? De la bonne conservation de leurs interactions ? De la non fixation d’un gène défavorable?

Cependant, de manière générale, il est possible de conduire un grand nombre de générations selon ce plan, en fixant les traits sélectionnés. L’apparition de caractères néfastes sera d’autant moins certaine que la souche utilisée sera de qualité.
Par exemple, la consanguinité en animalerie n’est pas issue d’une sélection, les rats ne sont pas choisis pour cela. La consanguinité va fixer les traits, bons ET mauvais… Selon le matériel génétique de départ, le résultat pourra être extrêmement mauvais, passable et rarement acceptable.
Chez un particulier, le couple de départ sera soigneusement choisi, et une sélection sera opérée à chaque niveau. De ce fait, les bons traits seront majoritairement fixés et le travail de l’éleveur sera de petit à petit éliminer les traits néfastes

Le matériel génétique utilisé au départ est extrêmement important, et la suite dépendra énormément de ce choix.

La consanguinité en elle-même n’apportera pas de bon ou de mauvais, elle mettra seulement en lumière les traits présents dans l’échantillon utilisé. Elle ne permettra pas d’éliminer un trait néfaste, mais permettra de savoir qu’il existe (l’éleveur devra alors agir en conséquence). En gros, elle permettra de tester la salubrité d’une lignée ou d’un reproducteur.

Deux individus consanguins n’ayant aucuns ancêtres en commun auront des petits non consanguins. Ces petits hériteront des caractères choisis par l’éleveur et fixés par consanguinité sur leurs parents.

Linebreeding, Inbreeding et Outcrossing:

Linebreeding = croiser des individus d’une même famille n’étant pas reliés de manière proche (par exemple oncle x nièce). Ce type de consanguinité permet de garder une certaine homogénéité dans la lignée, tout en ne fixant pas trop vite les traits et en conservant une certaine diversité génétique. Peut être utilisé sur des nombreuses générations avec de temps en temps un Outcrossing, cela permet de conserver des traits constants dans une lignée, tout en continuant à travailler les points faibles via l’introduction ponctuelle d’autres familles. De manière générale l’apport d’externe se fait via une autre lignée travaillée en consanguinité.

Inbreeding = croiser des individus proches d’une même famille (par exemple frère x sœur ou père x fille). Ce type de consanguinité va permettre une fixation rapide des traits et entrainer un appauvrissement génétique tout aussi véloce. A ne faire que sur des cas bien particuliers, pas sur plusieurs générations.

Outcrossing = Ce que nous faisons en France actuellement, croiser des rats non reliés entre eux. Peut être pratiqué à l’infini, le résultat sera plus ou moins hasardeux.

Faut-il donc éviter ou faire de la consanguinité?

Cela va dépendre de vos choix et buts, et surtout de votre matériel de base.

Vouloir travailler en consanguinité sur des rats d’animalerie serait une très mauvaise idée, sur des rats de familleconnue avec des problèmes redondants le résultat risque fortement d’être peu intéressant, le mieux reste encore de travailler sur des individus déjà sélectionnés au maximum.

En France, nous ne pratiquons que peu ce type de reproduction, débuter avec une lignée stabilisée et propre est donc difficile.

Afin de limiter la casse et d’avancer au mieux, une lignée très bien connue, avec du recul et sans trop de soucis sera à privilégier.

En effet la consanguinité ne va pas créer de bon traits, elle permettra juste de savoir ce qui cloche, si quelque chose de grave est porté, et s’il est possible ou non de rattraper tout cela.

La sélection opérée par la suite et l’introduction de nouveaux individus sélectionnés permettra de gommer certains des défauts… ou de complètement se planter :p

Ce qu’il faut en retenir :

C’est que la consanguinité n’est pas un mal, et qu’il ne faut pas la diaboliser. Correctement utilisée, elle peut donner d’excellent résultats, mal utilisée elle conduira rapidement à une catastrophe. Tout dépend donc de la personne se trouvant aux manettes, et des rats utilisés à la base.

L’utilisation de la consanguinité doit rester entre les mains de personnes averties, ayant de bonnes connaissances sur le rat, et ayant la capacité de suivre/contrôler de manière sure une lignée sur de multiples générations. Ce n’est pas une technique utilisable par tous, à moins de vouloir jouer avec le feu.

Il faut bien comprendre que l’utilisation de la consanguinité conduit à une « hyper spécialisation » du rat travaillé, et donc va réduire sa capacité d’adaptation aux nouveautés. Dans notre cas les nouveautés sont assez peu communes (et la variance trop minime pour être gênante), mais il convient de garder ce fait en tête.

Et ailleurs? :

La consanguinité est très souvent utiliser chez nombre d’animaux. Afin de créer une race il est nécessaire de fixer des traits, et donc de passer par la. On va rester sur le rat, afin de ne pas s’éparpiller de trop. En France on a bien comprit que ce n’était pas vraiment utilisé, mais c’est le cas à l’étranger.

Il n’est pas rare de voir du frère x soeur ou du parent x enfant assez régulièrement avec de bon résultats. Mais attention, souvent ces lignées sont DEJA stabilisées, et la casse à eu lieu beaucoup plus haut (car oui y’a de la casse à un moment quand même). Pouvoir travailler avec une de ces lignées est un gros plus, mais il faut bien être conscient d’une chose: mélanger une lignée stable à une autre lignée non stable ne donnera pas forcement du bon de suite, cette stabilité étant brisée. Il faudra travailler plusieurs générations en favorisant l’apport stable pour avoir des résultats.

Comment calculer la consanguinité :

Alors là on rigole. Si la généalogie est assez courte, ce sera relativement simple et rapide. Si vous avez une généalogie comme celle de Blue suède Shoes, oubliez de suite le fait main.

La formule à appliquer est la suivante:

S 1
2 (P+M+1)

P est égal au nombre de génération entre le père et l’ancêtre commun

M est égal au nombre de génération entre la mère et l’ancêtre commun

Ou bien  (1/2)^N qui correspond à n fois 0.5.

Sur cet exemple, P et M = 2. Il y a en effet 2 générations entre Raton et ancêtre commun.

Dans notre cas,

S 1
2 (2+2+1)

soit 1/2 puissance 5 = 1/32 = 0.03125 x 100 = 3.125%

Ou bien

(1/2)x 5 = 0.03125 x100 = 3.125%

Quelques outils:

Bon ça c’est sur le papier, en vrai vous avez TOUT INTERET à utiliser un logiciel avant de devenir fou….. J’ai testé (gratuit 2 semaines) le logiciel pour élevage canin gestelv mais je ne suis pas convaincue sur son calcul de taux. En effet ce dernier devient rapidement excessivement haut et ne semble pas très fiable.  Voici donc quelques outils gratuits disponibles:

GENEWEB -> Bon il fonctionne, il calcule, mais bon courage pour le faire fonctionner… C’est aussi bien expliqué que du goudron dans une banane, mais son avantage est de faire ET le calcul de consanguinité ET une généalogie imprimable, le tout en Français.
FSspeed-> Il est moche, il est en Anglais mais il est relativement simple d’utilisation. Il ne fait QUE le calcul de consanguinité mais donne quand même d’autres infos comme le nombre d’individus dans la lignée d’un rat, la profondeur de pédigrée toussaaaa. Petite explication pour vous faire gagner du temps: Il faut se faire un fichier excel avec une colonne ou vous mettez le nom du rat, une autre avec son pere et une 3eme avec sa mere. Ils doivent etre sur la même ligne, comme ceci ->  RATON  PAPARATON  MAMAN RATON.

Le but est de lier chaque rat à ses parents:

RATON       PHILEAS    CUNEGONDE
CUNEGONDE       PAPACONEGONDE    MAMANCONEGONDE
PHILEAS      PAPAPHILEAS      MAMANPHILEAS

C’est un peu chiant de faire le fichier mais après il suffit de l’importer et voila.

PedScope qui fonctionne sur le même princpe que FSspeed. Gratuit un mois et beaucoup plus complet.

ZooEasy qui est assez simple à prendre en main et permet de faire beaucoup de choses (mais payant, bien qu’il doit y avoir une version demo)

Calculateur en ligne ne prenez pas peur de la page d’accueil!

D’autres calculateurs doivent être dispos, mais en gratuit j’ai pas trouvé .

Lectures:

Inbreeding
Chez Carawatha
Eugenics and consanguineous marriages
Spoiled ratten
AFRMA
Rat guide
Inbreeding and linebreeding